护法军政府于1917年9月1日在广州建立，正式名称为中华民国军政府。1917年7月17日，中华革命党总理孙中山南下广州，举起护法的旗帜，组建南方军政府，与北洋政府对抗。

护法运动期间，1917年8月25日，南下的中华民国第一届国会议员已达150多人，由于不足法定人数不能召开正式会议，便根据孙中山的提议决定在广州召开国会非常会议。8月25日，非常国会开幕，决定组织护法军政府会议通过：为维护《临时约法》，在广州组成护法军政府，设中华民国陆海军大元帅一人、元帅三人，行使中华民国行政权。

9月1日，非常国会九十一人投票，以八十四票选出孙中山为护国军政府大元帅；之后选出云南督军滇系唐继尧、两广巡阅使桂系陆荣廷为元帅；另外，以伍廷芳为外交总长，唐绍仪为财政总长（但未上任），程璧光为海军总长，胡汉民为交通总长。孙中山于9月10日宣督就职，任李烈钧为参谋总长，李福林为亲军总司令，许崇智为参军长，陈炯明为第一军总司令，护法军政府成立。宣布段祺瑞等为叛逆，誓师北伐。在孙中山的号召下，护法战争正式开始。

1917年底，陆荣廷、唐继尧、莫荣新等联同唐绍仪召开“中华民国护法各省联合会”。1918年1月，西南军阀于军政府之外正式另组一权力中心“护法各省联合会议”，以岑春煊为议和总代表，主张承认冯国璋的北洋政府法统、组成联合政府。加紧谋求与北洋军阀妥协。1918年4月10日，非常国会秉承西南军阀的意旨，通过《中华民国军政府组织大纲修正案》，决定改组军政府，将大元帅制改为总裁合议制；孙中山坚决反对这一决定。

1918年5月4日，孙中山愤向非常国会提出辞职，通电揭露西南军阀破坏护法运动的罪行。1918年5月20日通过改组，选举唐绍仪、唐继尧、孙中山、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷和岑春煊等7人为总裁，废除大元帅制，以七总裁取代大元帅。孙中山在广州的权力被架空，被迫辞去大元帅一职，桂、滇各系控制国会改组护法政府。5月21日，孙中山离开广州，前往由蒋中正控制的上海，之后广州军政府以岑春煊为主席总裁。第一次护法告一段落。

1920年中，仍驻广州的军政府出现内哄，英国支持的桂系与滇系争权。岑春煊于10月24日通电辞职，宣布取消军政府，服从北京政府。孙中山于11月28日返回广州，重新担任陆海军大元帅兼主席总裁，并重组护法军政府，继续护法运动。“第二次护法”开始。1921年1月12日，非常国会在广州复会。4月2日，非常国会开会，取消军政府，组织正式军政府。护法军政府终结。4月7日，选举孙中山为非常大总统，于5月5日在广州就职。第二次护法运动正式开始。

中华民国军政府（1911年－1912年）

中华民国临时政府（1912年－1913年）

中华民国华北临时政府（1937年－1940年）

中华民国维新政府（1938年－1940年）