特设护卫船团司令部（日语：特設護衛船団司令部／とくせつごえいせんだんしれいぶ Tokusetsu Goē Sendan Shirēbu ?），为旧日本海军在太平洋战争期间实行的一种护航运输体制。特设护卫船团司令部的职责是为大规模的船队提供护卫，在制度实行初期仅有对应的司令，并未有专门的参谋团队和作战兵力，仅于船队出发前临时抽调人力物力组建参谋部和护航部队，其后日军逐渐发展出专门的护航部队编制。
1944年（昭和19年），日本面对太平洋战场上急剧恶化的形势，为了强化绝对国防圈的防务能力，而组建了一系列松号运输（日语：松輸送），向马里亚纳群岛等地实行大规模的护航运输行动。而同一时间，盟军采用了狼群战术对日本进行了一连串的海上交通破袭作战，取得了如比40船队（日语：ヒ40船団）几乎全灭等重大战果，使日本蒙受了沉重损失。日军故此开始考虑增大护航船队规模、对运输船只进行集中护航的做法。但是，日本海军此时负责海上交通航线护卫的海上护卫总司令部（以下简称海护总队）并不具有大规模护航运输队所需要的高级军官及司令部组织；取而代之的是召集海军预备役大佐而来的航运指挥官（日语：運航指揮官），率领各种护航运输队。这些预备役中级军官通常年事较高，知识陈旧，缺乏近现代作战技能以及指挥大规模船队的能力。
针对以上问题，1944年4月1日，日本海军发布“特设舰船部队令”，新设立以海军少将为指挥官的特设护卫船团司令部。至4月中旬，共实际编成8个护卫船团司令部。这种所谓的“司令部”并没有设置固定的参谋部，所需要的人员均为船队组成前从海护总队、或者海军省、军令部等地护航相关的佐级军官中抽调，临时任命为参谋。司令部下也并未拥有自己的舰艇及飞机，同样是临时抽调而来。新的护卫船团司令部与原有的航运指挥官制度并存，比72船队（日语：ヒ72船団）就有双方共同登舰的例子。日军首先在松号运输船队内设立护卫船团司令部，其后扩大到往西新几内亚运输的竹号运输，以及负责石油运输的比号船队（日语：ヒ船団）等场合。
采用了新护航体制的竹一船队在4月17日从上海出发，4月下旬至5月初在运输途中遭到盟军潜艇伏击，伤亡惨重。诸如此类的遇袭事件，使得护卫船团司令部没有自身部队的缺点暴露无疑，迫使日军决定成立成建制的船队护卫部队。这种专门用于护航的部队（所谓“护卫战队”）为了和其他作战部队相区别，番号从101开始。战队司令部以海军少将为指挥官，主力为6艘海防舰，大多拥有一艘轻巡洋舰或驱逐舰作为旗舰（第104战队除外）。1944年11月起至1945年（昭和20年）1月为止，日军先后编成第101、102、103战队，1945年4、5月间又组建了用于日本海作战的第104、105战队。原第一海上护卫队（以下简称一海护）随着新组建的护卫战队以及第901海军航空队（日语：第九〇一海軍航空隊）的加入，而升格为第一护卫舰队。
1944年4月8日编成，划入横须贺镇守府海上护卫部队。正式编成前就已经在指挥东松3号船队了。5月2日编入一海护，并参加比号船队的护卫，仅时隔三周旗舰即被击沉，司令战死。10月11日，从一海护除名，编入海护总队附属部队。
1944年4月8日编成，划入横须贺镇守府海上护卫部队，指挥东松4号船队。接着指挥了第3503船队（日语：第3503船団）。3503船队到达塞班岛后和东松7号船队合流，组成第4517号船队返回日本，途中朝凪（日语：朝凪 (駆逐艦)）被击沉，司令等由第24号海防舰（日语：第二十四号海防艦）救起。更换司令后，同年7月23至24日，因小笠原群岛方面需要紧急运输而再度编入横须贺镇守府部队，8月船团护航期间受到攻击，旗舰沉没，司令部全灭。
1944年4月8日编成，划入横须贺镇守府海上护卫部队，先后成功指挥东松5号、8号船队，其中前者途中损失两艘运输船。之后更换司令，在马里亚纳群岛进行护航，第3606船队（日语：第3606船団）护航期间旗舰被击沉，新上任的司令战死。
1944年4月8日编成，编入一海护。10月11日，从一海护除名，编入海护总队附属部队。
1944年4月8日编成，成功完成东松7号船队的护航任务。此后从横须贺镇守府除名，一度成为海护总队附属部队，6月29日编入一海护，从事门司（日语：門司）到新加坡之间的护航任务。1945年1月20日从战时编制内除名，同日改编为第103战队。
1944年4月8日编成，旋即负责竹一船队。7月15日编入一海护，负责比71船队（日语：ヒ71船団）等重要船队的护航，但是船团受到了严重的损失。9月12日旗舰被击沉。10月11日，从一海护除名，编入海护总队附属部队。
1944年4月8日编成，划入横须贺镇守府海上护卫部队，成功护卫东松6号船队。其后一度作为海护总队附属，5月21日编入一海护，从事门司到新加坡之间的护航任务。10月至11月间在西南方面舰队指挥下参加多号作战。1945年2月25日从第一护卫舰队的战时编制内除名，原司令改任四海护司令。
1944年4月15日编成，一开始隶属一海护，后编入第一护卫舰队编成，负责门司到新加坡之间的护航任务。1945年3月25日从战时编制内除名。
1944年11月15日组建。1945年1月12日比86船队（日语：ヒ86船団）护卫途中遭到美军执行南海空袭（英语：South China Sea raid）的航母特混舰队的空袭而重创。同年3月25日从战时编制内除名，残存舰艇编入第一护卫舰队。
1945年1月1日组建，隶属于第一护卫舰队旗下，从事反潜工作。其中第35号海防舰在空袭中沉没；御藏和第33号海防舰在1945年3月28日击沉美军鳞鲀号（英语：USS Trigger (SS-237)）后，在当天因空袭和潜艇袭击而沉没。
1945年1月20日组建，隶属于第一护卫舰队旗下，执行南号作战（日语：南号作戦），执行船队护航工作。先后损失久米、昭南、第18号海防舰。南方航线断绝以后，在朝鲜海峡进行反潜工作，期间损失第25号海防舰。
1945年4月10日组建，配属于大凑警备府（日语：大湊警備府）部队，在日本海北部及鄂霍次克海行动，守卫津轻海峡和宗谷海峡。为了在寒冷地带行动，全由占守级和择捉级海防舰（日语：択捉型海防艦）组成。其中笠户在美军潜艇的巴尔尼行动（日语：バーニー作戦）中受到重创。
1945年5月5日组建，作为舞鹤镇守府护卫部队在日本海活动，为了对抗美军的巴尔尼行动而进行日号作战（日语：日号作）。在北海道空袭（日语：北海道空襲）期间损失第65号、第112号海防舰。