林妈利（1938年5月30日－），是一位台湾医师。她长期任职于马偕医院，并任教于国立台湾大学医学院与台北医学大学医学院，同时也是马偕纪念医院医学研究部输血医学暨分子人类学研究室教授，第二十七届医疗奉献奖得主。
林妈利的父亲林新振是外科医师，母亲是日本人吉武牧野（汉名林妈基）。幼年时在日本生活，1947年二战结束后回到台湾。1954年至1957年就读于台北市第二女子中学（今中山女高）。1964年从私立高雄医学院毕业取得医学士学位，随即进入台大病理研究所继续深造。1967年于台大毕业后留校任教，并曾经在1964年至1969年之间担任台大医院病理科住院医师。后来，她又前往美国德州大学Galveston医学分院（UTMB）任职临床及解剖病理专科医师，1981年底回国，并在台北市马偕纪念医院担任检验科主任。其专长为输血医学、血液病理以及临床病理等，曾发表近130篇有关输送血液的相关论文。
林妈利最受瞩目的论理就是以台湾人血液成分断定台湾族群的来源，她曾比对全球人种DNA的相关学理研究成果提出，台湾原住民祖先是在1万5000年前冰河时期结束之前，从东南亚岛屿（菲律宾、印尼）等地迁徙至台湾，在台湾岛内经过几千年长期的隔离，形成相似及一致的基因结构。台湾原住民、东南亚岛屿族群（印尼、菲律宾等）在血缘上很接近，不易区分，而且研究显示台湾原住民在上万年之间陆续来自东南亚岛屿，且两地有族群可能互相迁移。占全台91％的闽客族群中85％有原住民血统（包括高山族、平埔族，以及东南亚岛屿族群），90%以上的台湾闽南人、客家人有中国大陆南方百越族血统，不是纯北方汉人的后代，反倒与东南亚较相近。所以台湾人可说是东南亚大陆、东亚大陆、原住民以及东南亚岛屿等地区人种混血的结果。
林妈利以台湾原住民族平埔族在清末从“社番”改为“民户”，到日治时再改成“闽客”为例，强调唯有从血液的科学检验（从母系血缘（线粒体DNA）及父系血缘（Y染色体）来进行溯源基因的检测），才能证明自己真正的血缘。
人类学博士陈叔倬，以及西拉雅文化研究者、西拉雅族人段洪坤，共同在《台湾社会研究季刊》上撰文〈平埔血源和台湾国族血统论〉，对林妈利的研究方法提出了三点质疑，林妈利撰文〈再谈85%台湾人带原住民的基因〉回应陈叔倬的批评。陈叔倬、段洪坤之后再于《台湾社会研究季刊》发表〈台湾原住民祖源基因检验的理论与统计谬误〉，他们认为林妈利选择性回避他们的质疑，却花大量篇幅提出无关原文内容的问题，又认为文中并未回答两人的问题，而林妈利仅质疑其动机是否有宣扬汉族血统论的政治意图，要求林妈利正面回应。
在人类组织抗原方面，林妈利所声称的台湾人体内单倍型来自原住民的比例从13%（2000-2001年）变到52%（2007年）；在线粒体DNA方面，则是由26%（2006年）变到47%（2007年）。
对于陈叔倬等人的批评，林妈利声称13%和52%的差异是因为13%是以早期血清学法的方式取得，而52%是以后期较精确的DNA方法取得。另外，前者的实验结果(13%)只有比对高山原住民与闽南/客家人的异同，而后者(52%)有加入东南亚岛屿族群，及其他亚洲地区的因素。所以52%代表着台湾人拥有原住民、东南亚岛屿族群，及其他亚洲地区的单倍型(有相同的单倍型一般被认为有共同的祖先)。剩下的48%则拥有台湾人与福建人有相同的单倍型。并非说52%来自台湾原住民。至于陈叔倬对于林妈利母系血缘(mtDNA)的研究的批评 (26%与47%之差别) 也是基本上因为两个实验结果是以不同的实验方式而取得。 但陈叔倬等人在后续的回复中，再次指出其研究方法和算法的谬误。
林妈利的研究采样，只要受试者说他是平埔族，这个样本就被放到平埔族中。因此，一个事实上没有平埔族血统的受试者，可能借由自我宣称而成为平埔族样本，并使其他不是平埔族血统的样本也被鉴定为平埔族。相对的，陈叔倬08年的研究采样则结合了日本时代的户籍资料，确认受试者的家庭从 19 世纪末以来未曾与汉人通婚，才算是平埔族样本。
在数据分析方面，林妈利在判定“原住民血统”时采用了“绝对宽松标准”，只要研究对象的母系血缘、父系血缘、组织抗原这三个基因系统中有一个与原住民相似，即被归类于“原住民血统”之列。反之，对于亚洲大陆（汉）的血缘判定，则采取“绝对严苛标准”，必须要三个系统同时不带有 （at most）所谓的原住民特有基因，才不至于被判定为带有原住民血缘。同一组数据，却使用不同的判定标准，有操弄数据之嫌。 主观喜好下，选择何种血统来源采用何种标准，也使得台湾汉人血统来源总计达到 267%（按照林妈利算法，三个系统相加85% ＋ 90% ＋ 95%），超过统计学合理表达方式的 100%。 林妈利在后续回复中，并没有针对第二个问题进行解释，也无针对统计方法进行任何修正。
实际上，林妈利也曾用“绝对严苛标准”计算过原住民血源。林在2007年的〈Genetic profile of "non" aboriginal Taiwanese〉一文中估计 1.5% 台湾汉人是“纯”原住民，因为只有 1.5% 台湾汉人在三个系统下同时带有所谓的原住民基因。而她在〈永恒的西拉雅族〉一文中则估算 3.5% 西拉雅人是“纯”原住民，因为只有 3.5% 的西拉雅人同时带有三个所谓的原住民基因。
如上所述，林妈利评判时的判定标准是“基因系统有无原住民基因”，而非“原住民基因比例是否比汉族高”，以提高“原住民血统”比例。但人类基因上万，若依此“绝对宽松”标准，只要多检测几个基因系统，“原住民血统”的估算比例即可升到99.99%，若按同一标准衡量“汉族血统”，估算比例达到99.99%的速度更快；同一原理，人类与黑猩猩的基因有98.5%完全一致，若借此表示“100％台湾汉人带有黑猩猩基因”，实质没有任何意义。 林妈利对此并无作出回应。