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阿富汗的长期战争起于1978年4月27日。

阿富汗政府的财政收入长期倚赖国外援助。:13-141973年阿富汗共和国成立后，苏联即支持激进的政党如阿富汗人民民主党，加紧使阿富汗在经济上依赖苏联，反对同中华人民共和国有密切关系的巴基斯坦。历届阿富汗政府虽然都曾试图改革，但均由此而告吹。1978年人民民主党激进分子推翻阿富汗政府，暗杀了第1任领导人，组织新政府并由党总书记努尔·穆罕默德·塔拉基出任国家元首（革命委员会主席）。新政府的无神论立场及其推行的变革引起民间的反对者组织武装反抗。:16塔拉基在1979年9月被其副手部长会议主席哈菲佐拉·阿明在政变中取代，哈菲佐拉强调国家自主性、外交独立等，显然并不是勃列日涅夫政府所中意的人选。在苏方警告不从后，同年12月27日阿明与家眷等遭苏军特种部队杀害，苏联人支持的另一名左翼分子巴布拉克·卡尔迈勒上台。政府的内部斗争导致权威大减，反政府武装日益壮大。卡尔迈勒要求并接受苏联增加援助镇压反政府武装，苏联军队大举进入阿富汗，但始终无法消灭得到美国、巴基斯坦等国支援的圣战者。

苏联从阿富汗撤军后，人民民主党政府在1992年倒台。布尔汉努丁·拉巴尼等建立阿富汗伊斯兰国。然而拉巴尼政权并不稳固，各派系常常发生武装冲突。此时有一个毫不起眼的伊斯兰学生组织崛起，名为塔利班，在普什图语中意为“学生”，领导者为穆罕默德·奥马尔。塔利班是一支由神学院学生组成的部队，在1994年出现，以坎大哈为基地，并迅速壮大。在最初几个月里取得一连串军事胜利，夺取了西南部九个省份。塔利班打着“铲除军阀、恢复和平、重建国家”和“建立真正伊斯兰政府”旗号，声称不服从任何党派，拒绝和谈，视《古兰经》为法律，在战场上的士兵也会带着《古兰经》。塔利班在攻占的地方建立统一的行政机构，恢复法院、学校、医院等，赢得广大民众的支持。

1996年9月25日，塔利班攻克了喀布尔以东75公里的战略重镇，并向喀布尔推进。26日，塔利班部队攻入喀布尔东部城区，并向市中心推进，与政府军交战。27日，塔利班攻占总统府，并控制喀布尔大部，政府军退守喀布尔以北地区，并计划反攻。占领喀布尔不久后，奥马尔任命一个由六人组成的临时委员会接管政权，处理政务。塔利班继续追击政府军，政府军退守东北部潘杰希尔山谷。10月，塔利班建立了以穆罕默德·奥马尔为首的临时政府，奥马尔被伊斯兰教神职人员推举为最高宗教领袖。

塔利班夺权后，使原本不少敌对的派系有了共同敌人。1996年10月9日，前政府军艾哈迈德·沙阿·马苏德领导的主要由塔吉克人组成的前政府军武装、与乌兹别克武装和伊斯兰党武装签署一份共同对抗塔利班的协议，成立阿富汗“最高防御委员会”，成立反塔利班的北方联盟。协议规定如果任何一方受到塔利班攻击，其它派系应给予支持。北方联盟总兵力约6万人，其地是在东北部的潘杰希尔山谷。然而由于内部派系本身的矛盾，使联盟的作用很少，在战事上常常失利。

1998年4月17日，在美国总统特使、驻联合国大使比尔·理查森斡旋下，双方同意停火，并在4月27日的联合国和伊斯兰会议的主持下，在伊斯兰堡举行会谈。由于双方存在严重分歧，会谈很快便破裂，双方重新交战，发起进攻。1999年7月28日，已控制近90%领土的塔利班向北方联盟发起大规模进攻，意图取得阿富汗的完全控制权，以换得国际社会的承认，并夺取了北方联盟的战略重地巴格兰空军基地，不过联盟很快便发动反攻，收复几乎所有失地。2000年5月10日在沙特阿拉伯吉达举行的会谈中，双方达成停火协议，同意交还战俘。但在9月，双方又发生激战，塔利班夺取了塔卢坎，但很快被马苏德指挥的军队夺回。

九一一事件发生后，美国认为发动是次恐怖袭击的主谋是奥萨玛·本·拉登，联合国安理会要求塔利班执行联合国安理会第1333号决议（英语：United Nations Security Council Resolution 1333），关闭恐怖份子训练基地和交出本·拉登。2001年10月7日，英美已组成联军进入阿富汗境内与当地的北方联盟接触。双方其后达成协议，合作推翻塔利班政权。并在当天晚上进行空袭，攻击塔利班和阿尔盖达多个据点。联军在阿富汗迅速取得胜利，在11月13日北方联盟部队抵达喀布尔，标志着塔利班在阿富汗全国的瓦解，残余的塔利班部队撤退坎大哈周围地区。12月，塔利班交出坎大哈的控制权，塔利班政权正式倒台。在美国的扶持下，建立阿富汗伊斯兰共和国，取代旧的塔利班政权，哈米德·卡尔扎伊为第一任领导人。

美国与其盟邦随着2001年发生的911事件后，采取军事行动以支持反对塔利班的势力，并迫使其土崩瓦解。在2001年末，阿富汗主要的反对势力领袖以及流亡份子在德国波昂集会，并同意了一项新的政府架构计划，使得哈米德·卡尔扎伊在2001年12月就任临时政府主席，大会确定在2004年进行政权的重建进程，确立新宪法及筹备总统选举。2004年10月9日哈米德·卡尔扎伊成为了阿富汗的第一位民选总统，但实际上，阿富汗仍然处于被美军占领状态。

2005年3月3日至25日间阿富汗连续发生多次强烈地震，因而受到重创。死亡人数超过1,800人，数以千计的房屋倒塌，受伤人数超过4,000人。萨曼甘省和巴格兰省先后在3月3日及25日发生地震，巴格兰省的地震破坏力较大，死亡人数占整个地震时期的大部分，国际社会纷纷向阿富汗政府提供协助。

2005年底阿富汗仍呈现极度贫穷与军阀割据的现象，久经战乱而破坏的基础设施、大量未爆地雷与其它的权威统治，加上大量非法鸦片与海洛因毒品贸易充斥其中，以及来自部分根植于盖达组织与塔利班余众所发起的军事与暴力行动仍在持续。

在多年军事行动收效无果情况下，美国决定于2014年撤离阿富汗。