摩罗泰岛县（印尼语：Kabupaten Pulau Morotai）是印度尼西亚北马鲁古省的一个县，辖境主要是摩罗泰岛。2010年人口普查共有52,860人。

在15到16世纪，摩罗泰岛主要在强大的特尔纳特苏丹国控制之下。

16世纪中期，摩罗泰岛是葡萄牙耶稣会传教士的传教点。17世纪时，特尔纳特苏丹国通过多次强迫居民外移而进一步控制摩罗泰岛。早期将人口迁至哈马黑拉岛西海岸的小镇Dodinga，之后在1627年和1628年时，特尔纳特的苏丹·哈姆扎（Sultan Hamzah）将许多岛上的基督徒迁至特尔纳特岛上的Malayu，苏丹国在那里更容易控制这些基督徒。

2008年11月26日，印尼议会批准2008年第53号法案宣布从北哈马黑拉县分设摩罗泰岛县。

摩罗泰岛在1942年初被日军占领。在1944年9月的摩罗泰岛战役（英语：Battle of Morotai）中美军收复岛屿南部的平原，并以此作为1945年初盟军反攻菲律宾以及5、6月反攻婆罗洲的中转站。阿美族台籍日本兵李光辉（日语名中村辉夫）于1974年12月被找到，他在摩罗泰岛战役中与部队失去联络，便独自在丛林中等待援军，靠着野外求生技能继续躲藏，从此过了31年鲁宾逊漂流荒岛般的生活。

摩罗泰岛是位于哈马黑拉岛以北、崎岖且森林密布的岛屿，面积1,800平方千米（690平方英里），南北延伸80千米（50英里），宽不超过42千米（26英里）。摩罗泰岛县的最大城镇是坐落在岛南海岸的达鲁巴，摩罗泰岛的大部分村落都是沿海的定居点，一条链接东海岸的铺装公路起于达鲁巴，最终到达摩罗泰岛东海岸的主要城镇贝雷贝雷（Berebere），长约68千米（42英里）。

摩罗泰岛县下分5个区（Kecamatan），各区在2010年人口普查的列表：

岛上森立茂密，生产木材和树脂，并有自给自足的渔业。在2010年10月，印尼政府要求中华民国协助开发这个岛屿。哈马黑拉发展与投资公司（PT Halmahera Development & Investment）于2011年在摩罗泰岛上寻找开发生态旅游产业。

摩罗泰经济特区于2014年落成，主要发展渔业、物流和旅游业，经济特区面积1101.76公顷。甲霸贝卡（Jababeka）是获得印尼政府授权的摩罗泰经济特区开发商，中国大陆万达集团和台湾庆富集团等企业也参与摩岛经济特区的开发。

北马鲁古省政府正努力将莱奥·瓦蒂梅纳机场变为国际机场以促进旅游发展。