日本在世界动物地理分区上绝大部分属于旧北区，除了琉球群岛属于东洋区外。约有600种鸟类被纪录，其中有13种为特有种，7种为只在日本繁殖的种类。

根据日本鸟学会的分类：

第3类分类不列于此表，因此本表只有565种鸟类。