行政院农业委员会依《野生动物保育法》 公告之保育类野生动物名录，按照族群数量与保护等级，可分为、及之野生动物共三大类，内容函盖台湾境内及境外之物种。依《文化资产保存法》公告之自然纪念物，则包括珍贵稀有植物。

依据农委会公布的台湾保育类野生动物物种，计有濒临绝种保育类41种、珍贵稀有保育类123种以及其他应予保育类48种。珍贵稀有植物则有5种。以下依种类分列，台湾特有（亚）种于中文名后以星号标示（特有种：，特有亚种：**）。

总计有濒临绝种保育类13种、珍贵稀有保育类26种、其他应予保育类5种。其中陆域哺乳类濒临绝种5种、珍贵稀有7种、其他5种；海域哺乳类濒临绝种8种、珍贵稀有19种。

总计有濒临绝种10种、珍贵稀有62种以及其他18种。

总计有濒临绝种7种、珍贵稀有14种以及其他11种。

总计有濒临绝种5种、珍贵稀有4种以及其他3种。

总计有濒临绝种3种、珍贵稀有2种以及其他应予保育类5种。

总计有濒临绝种3种、珍贵稀有15种、其他6种。

目前依《文化资产保存法》公告指定之珍贵稀有植物有五种，另有六种植物已解除公告。解除公告的六种植物为台湾水韭、台东苏铁、兰屿罗汉松、红星杜鹃、乌来杜鹃、钟萼木。