由于日本地形狭长，日本河流呈现出相对较短、落差较大的特点。人们常引用到访过富山县常愿寺河的荷兰工程师（在日外籍讲师）的话“这不是一条河流，而是一个瀑布”。最上川、富士川和球磨川被认为是日本三大急流。

典型的日本河流发源于山林，在上游切割出深V形谷，在下游形成冲积平原，这为日本人种植水稻并建立城市提供了基础。大部分河流上都建了水坝以供应用水和电力。

日本最长的河流是从长野县流向新潟县的信浓川。利根川则拥有最大的流域范围，它为三千万东京都居民提供了水源。

以下列表按照从北到南的地理顺序排列。按照字母顺序排列的列表可以参见Category:日本河流。

北海道共拥有316条河流。

以下表格是按照长度排列的北海道河流列表。

以下15条一级河流为日本北海道开发局管辖：

以下一级河流由东北地方整备局管辖：

二级河流

以下一级河流由关东地方整备局管辖：

以下一级河流由北陆地方整备局管辖：

汇入日本海的河流：

汇入太平洋的河流：

以下一级河流由中部地方整备局管辖：

以下一级河流由近畿地方整备局管辖：

二级河流

以下一级河流由中国地方整备局管辖：

以下一级河流由四国地方整备局管辖：

以下一级河流由九州地方整备局管辖：