南居益（1565年－1644年），字思受，号二太，陕西渭南人，明朝政治人物，进士出身。

南京礼部尚书南师仲之子，万历二十九年（1601年）成辛丑科进士，授刑部主事，后迁广平知府，擢山西提学副使、雁门参政，历任按察使、左右布政使等职。

天启二年（1622年）任太仆寺卿，次年擢为右副都御史。

荷兰人占据澎湖，福建巡抚商周祚私下答应荷兰舰队司令雷约兹（Cornelis Rijersz Schoonhoffman），只要撤出澎湖，就允许他们在台湾贸易，但双方一直无法取得共识。最后商周祚命令南路副总兵张嘉策强行要求荷兰人撤返，“但师行粮从，无饷则无兵。”御史游凤翔痛批：“非惟船不回、城不拆，且来者日多。”最后张嘉策被朝廷革职查办，改由抗倭名将俞大猷之子俞咨皋接任。

天启三年二月，朝廷以南居益取代商周祚出任福建巡抚，南居益“未出都门，辄痛心切齿，毅然以必诛红夷为己任”，集结一万名士兵与两百艘船，包括运兵船、炮船与火船。

天启四年（1624年）二月，南居益亲自乘船到金门，下令渡海出击收复澎湖。福建总兵俞咨皋、守备王梦熊，率领兵船至澎湖，登陆白沙岛，与荷军接战。但荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。是年九月，总兵俞咨皂统率三军与荷军苦战七个月，炸毁红毛城，终于收复澎湖，荷将高文律（Kobenloet）等十二人被捕。

天启五年（1625年）升任工部右侍郎，总督河道，因被魏忠贤、黄承昊等人劾奏而被罢官。崇祯元年(1628年)被重新起用，任户部右侍郎，曾提议增加军饷。工部尚书张凤翔因军械未能齐备而下狱，南居益代理工部尚书。不久，兵部尚书梁廷栋弹劾郎中王守履失职，南居益上疏说情，被崇祯帝以徇私削籍遣还。不久，又因叙守城功复职。

崇祯十六年（1643年）李自成攻破渭南，招降居益，不从。次年正月，与族弟南居业绝食而死。