波斯尼亚和黑塞哥维那现行国旗，于1998年2月10日制定。1992年波黑独立后发生激烈的内战。在各方和解后，于1998年才制定了现在的国旗。深蓝底与星星取自欧盟旗帜，代表其为欧洲的一员。最上与最下的星星只有一半出现，代表星星的数量无穷无尽。三角形代表国土形状及国内三族：塞尔维亚族、克罗地亚族与波斯尼亚克人穆斯林。黄色则代表三族互相合作，共创美好的未来希望。

波斯尼亚

黑塞哥维那

波斯尼亚和黑塞哥维那其他历史政权旗帜

塞族共和国国旗是一面三色旗，由红、蓝、白 （即泛斯拉夫颜色）三横条组成。政府旗中间偏左方有国徽。红、蓝、白的形式形成于1835年。

波斯尼亚和黑塞哥维那联邦现在没有正式国旗。1996年至2007年期间，波赫联邦曾拥有自己的国旗。 旧国旗为白底，左侧有红色竖条，右侧有绿色竖条。中央为盾形图案。盾的下部是波赫国徽。左上是代表波斯尼亚克人的盾徽，为绿色中有一朵黄色百合花。右上是代表克罗地亚人的盾徽，为红白格子图案。

塞族共和国总统的旗帜

塞族共和国总统的旗帜（1995-2007年）

塞族共和国总理的旗帜（1995-2007年）

塞族人民议会主席的旗帜（1995-2007年）

塞尔维亚人东正教教堂旗帜

塞尔维亚克拉伊纳共和国旗帜

塞尔维亚克拉伊纳共和国国旗

乌纳-萨纳州

波萨维纳州

图兹拉州

泽尼察-多博伊州

波斯尼亚-波德里涅州

中波斯尼亚州

黑塞哥维那-涅雷特瓦州

西赫塞哥维纳州

萨拉热窝州

第十州

布尔奇科特区