北马其顿共和国在1991年11月20日从南斯拉夫联邦独立，1991－1993年使用红底，上面有一颗十六芒星的国旗。现在用的是一个金色的太阳，在红底上发出八道金光的国旗。原因是希腊共和国境内的马其顿大区的旗帜跟马其顿共和国旧国旗图案相同（背景颜色不同）。

现在的国旗呈现了旭日初升，光芒照耀四方的形象，是北马其顿共和国国歌《今天在马其顿之上》 (Денес Над Македонија)中的“自由的新太阳”：

1991年至1995年以渥吉纳太阳为图案，但引起了希腊的抗议。由于真正的马其顿人并非斯拉夫人且已消失，作为真正的马其顿人的亚历山大大帝只是希腊的历史，而希腊因此坚称马其顿为其一部分并坚决否认马其顿共和国主权（参见马其顿名称争议），加上希腊封锁马其顿国界并以联合国、欧盟等国际组织会籍向马其顿要挟，马其顿共和国当局被迫让步并更改国旗。2019年2月12日，国号正式改为“北马其顿共和国”。。

国旗的高宽比为1:2，有两种颜色：

国旗和地图重合后的效果

引起争议的旧国旗

马其顿大区的旗帜，与马其顿共和国国前国旗相似，引起纠纷

飘扬的北马其顿共和国的国旗

同时悬挂的新旧国旗

北马其顿现行国旗在启用前有如下设计方案：

1995年设计方案1

1995年设计方案2

1995年设计方案3

1995年设计方案4

1995年设计方案5

1995年设计方案6

1995年设计方案7

1995年设计方案8

1995年设计方案9

1995年设计方案10