第十二航空舰队（日语：第十二航空艦隊／だいじゅうにこうくうかんたい Daijūni Kōkū Kantai ?）是旧日本海军的一支陆基海军航空兵编制。十二航舰成立于太平洋战争中期，主要任务为监视、防守千岛群岛、库页岛、北海道等地区，提供空中支援。

1943年（昭和18年）年中，随着盟军在太平洋上的反攻逐渐加强，日军在所罗门群岛及新几内亚一带陷入了苦战。日军原本成立了第十一航空舰队，但一直与盟军在东南方向的中太平洋地区鏖战，无力顾及其他地区。为此，5月16日军令部下令组建一支新的航空舰队。18日，十二航舰成立，隶属于联合舰队旗下。十二航舰以第27、第24航空战队为骨干，防守范围大致为日本本土及东北方向，十一航舰则负责剩下的区域。同年8月5日，日军成立东北方面舰队，统一指挥第五舰队及十二航舰，协调海军与陆军北方军（日语：北部軍 (日本軍)）的联系；东北方面舰队司令长官由原十二航舰司令长官担任，并兼任十二航舰司令长官。

1944年年中，日本海军为了应对美军在菲律宾的进攻而筹划了捷号作战，为此从东北方面舰队抽调了十二航舰大部分兵力及第五舰队到菲律宾方向去，东北方面舰队基本成了空架子。12月5日，东北方面舰队解散，十二航舰重新归入联合舰队直属，原东北方面舰队司令部（兼充当十二航舰司令部）改为十二航舰司令部。同时日军还在尽力从日渐捉襟见肘的兵力中增强东北方向的防务能力。同年10月18日，军令部着手部署十二航舰与大凑警备府（日语：大湊警備府）所属部队共同指挥的事宜，1945年2月15日，十二航舰司令部与大凑警备府司令部合并，大凑警备府司令长官兼任十二航舰司令长官。