吕建（1960年3月31日－），男，籍贯山东荣成，生于江苏南京，中国软件科学家，中国科学院院士，南京大学校长，无党派人士。

主要从事软件方法学研究。

1982年，毕业于南京大学计算机系。1984年，于南京大学获硕士学位。1988年，于南京大学软件专业获博士学位。

1993年至1994年，于英国曼彻斯特大学计算机系作为访问学者。

1995年，获得“国家杰出青年科学基金”资助。

2010年4月，任南京大学副校长。2013年，当选中国科学院院士。2016年4月，任南京大学常务副校长。2018年1月，任南京大学校长。