北京大学第六医院，是一所三级专科医院，位于北京市海淀区花园北路51号，创建于1942年。该医院亦是2002年由中国疾病预防控制中心精神卫生中心主导成立的北京大学精神卫生研究所的依托单位。。

北京大学第六医院现任院长是中国科学院院士陆林。

2019年1月21日，中国医学科学院设立首批院外研发机构，其中包括了作为创新单元的北京市第六医院。