阴道上皮（vaginal epithelium）是阴道中的腺体内层，其中包括多层的（鳞状）细胞，属于上皮组织。基底膜在基底层（上皮的第一层）内，中间层在基底层上，表面层是上皮的最外层。由管腔往外的阴道壁第一层是由复层扁平上皮的黏膜组成，其下有结缔组织的固有层（英语：lamina propria）。接下来有一层平滑肌，在纵向纤维内部具有圆形纤维束。最后是结缔组织形成的最外层，称为外膜（英语：adventitia）。有些教科书会列为四层，将黏膜的二个子层（固有层及上皮）分为二层计算。上皮细胞上的黏液是由子宫颈以及子宫所分泌的。上皮皱褶形成了复杂的表面，其表面积达到360 cm2。因为阴道上皮表面面积大，因此有些药物可以由阴道给药，透过上皮吸收。

在生殖周期中，阴道上皮会有正常的周期性变化，是因为雌激素造成的，随着激素浓度的上升，阴道上皮会增殖，细胞的层数也会增加，当细胞增殖及成熟时，部分细胞会角化。女性生殖系统的其他组织和器官也会因为激素而变化，不过阴道上皮的变化灵敏度最高，其结构也是雌激素浓度的指标。在阴道上皮中也有一些朗格汉斯细胞及黑素细胞。子宫颈上皮和阴道上皮相邻，有相同的结构以及机能。阴道上皮可以分为几层，包括基底细胞（英语：Stratum basale）、旁基底细胞、浅表鳞状扁平细胞（英语：squamous cell）及中间层细胞。浅表细胞会不断的脱落，基底细胞会取代角质层死亡脱落的细胞。在基底细胞下有颗粒层及棘层（英语：stratum spinosum）。和体内其他的上皮细胞相比，阴道上皮的糖原浓度较体内其他的上皮细胞要高。细胞表面的图案是圆形的，以纵向排列。子宫上皮细胞和阴道上皮有一些类似的特征。

单层立方上皮

单层柱状上皮

复层立方上皮

复层柱状上皮