菲律宾历史开始于6万7千年前人类使用木筏和原始船只抵达这里。
最晚在六万七千年前的旧石器时代中晚期，已经有人类在菲律宾群岛聚居。科学家于2007年、2011年和2015年在吕宋岛北部的卡亚俄洞穴（英语：Callao Cave）发现了一系列古人类化石，其中最早的样品的年代为6.7万年前。学者认为，这些化石属于一个古人类物种吕宋人。
尼格利陀人是早期的定居者，但是他们在菲律宾出现的时间还没有确切定论。
至约公元前1000年，菲律宾定居者可以分为四个较为明显的种族。
中国史籍中所提及的吕宋、苏禄、麻逸、古麻剌朗等国皆于今日菲律宾国内。在菲律宾当地，考古发掘甚至发现有日期在3世纪的中国瓷器。 226年（东吴黄武五年），东吴官员宣化从事朱应、中郎康泰浮海巡抚，也曾到过今天菲律宾境内的臣延、耽兰和杜薄。康泰著有《吴时外国记》（《扶南传》）。裴松之注《三国志》与《晋书》中也有提及。
在南印度帕拉瓦王朝以及北印度笈多王朝时期，印度文化传至东南亚以及菲律宾群岛。印度化王国建立。
汤都王国,中国古代又称东都，是菲律宾在西班牙人殖民前吕宋岛最主要的政体(p71)，位于巴石河三角洲，靠近马尼拉湾。王国成立于约公元900年，由一些巴朗盖组成，由世袭的拉肯和达图统治。这王国位于海上丝绸之路路线最北端，依靠与中国贸易带来财富，并把中国商品转手整个群岛的其余地区。在与文莱帝国苏丹博基尔亚的联盟期间，汤都王国进一步达到顶峰。大约在1500年左右，这个王国达到群岛最北部。
中国唐时期，汉族商人就与菲律宾各地有贸易往来。宋时期，汉族、真腊、安南、泰国、马六甲、印度、阿拉伯商船等开始在此海域航行。元时期，阿拉伯商船往来于中国途中，经过此地，达到顶峰。
13世纪来自苏门答腊的米南加保人逐渐移民到菲律宾，1390年他们建立了苏禄苏丹国。 1405年（明永乐三年），郑和下西洋，巡莅菲律宾群岛（南琉球群岛），奉明成祖诏书封许柴佬（今福建晋江深沪运伙人）为吕宋总督，统揽该国军、政、财、文大权。任职直到永乐二十二年（1424年），达20年之久。 中国明朝永乐十五年（1417年），苏禄王朝贡，回程路上病死于山东德州，明王朝敕建苏禄王墓。
1450年，出生在马来西亚柔佛的阿拉伯商人赛义德·艾布伯克尔在菲律宾建立了伊斯兰政权。穆斯林阿訇们以此为基地，开始向周围传播伊斯兰教，在其鼎盛时期，影响力一直延伸到巴西兰岛、巴拉望岛、三宝颜的南部海岸地区和婆罗洲，并向棉兰老岛延伸。
阿拉伯人在此生活了两三百年以后，菲律宾迎来了荷兰人。殖民者们用西方的眼光给他们看到的一切重新定义，西班牙人不知道他们是阿拉伯人，不明白为什么在典型的马来人种地区会有这些高鼻深目体形高大的人，就用雅典时代的蛮族摩尔人给他们命名，他们生活的地方，也逐渐的变成现在的发音：摩洛，意思是摩尔人的土地。
在1485至1521年苏丹博尔基亚统治时间，伊斯兰化的文莱帝国决定切断汤都王国垄断对中国的贸易。他们攻击汤都王国并且击败Datu Gambang。渤泥帝国的卫星国建立。
1521年，麦哲伦探险队曾经到达这里。1565年，西班牙入侵吕宋，攻占宿务岛。1571年，西班牙侵占吕宋岛，建马尼拉城。菲律宾这个名字，就是从西班牙国王菲利普二世而来。西班牙人来到后，在当地实施类似封建制度的政策，征服者，修士和本地贵族被授予庄园，以换取他们对国王的服务和忠诚，他们被赋予的特权从它的居民收取贡品。作为回报也有人获得赐封，被称为受封君，受命提供居民司法和治理军事保护。在战争时期，在受封君要为王提供的士兵，特别是如荷兰，英国对殖民地的侵略。赐封系统因被滥用，在1700年代被行政省份取代。国家层面上，西班牙国王，通过他的印度议会，通过他在菲律宾代表菲律宾总督管辖，总督被赋予几个职务：最高法院皇家马尼拉审问院首长，陆军和海军指挥官总司令，以及负责该国的经济规划。并监督教会任命的权力。他的年薪是40000比索。总督通常是一个西班牙出身的半岛人，以确保对王室忠诚度。
在19世纪，西班牙在教育上加大投资。通过在1863年12月20日的教育法令，西班牙女王伊莎贝拉二世下令建立免费的公共教育系统。西班牙语作为传授语言。这使得受过教育的菲律宾人数量增加。此外，1869年苏伊士运河的开通缩短了行驶至西班牙的时间。这使得在西班牙和欧洲学习并且扩宽视野的菲律宾人增加。
1896年8月，滂尼发秀领导的卡蒂普南(Katipunan)在马尼拉近郊的马林塔瓦克山发动起义，各地响应，进攻西班牙殖民军。次年阵营内部发生分裂，阿吉纳多(Emilio Aguinaldo)篡夺领导权，杀害滂尼发秀，并与西班牙殖民者妥协。但起义者坚持斗争，后起义者几乎占领全国。阿吉纳多于5月17日乘美舰麦克科洛济(Mc culloch)号返菲活动。1898年6月12日菲律宾宣告独立，成立菲律宾共和国，史称菲律宾第一共和国。
1898年爆发美西战争，12月10日，西班牙被美国打败，签署《巴黎和约》，美国政府给西班牙2,000万美元购买菲律宾主权，美国统治时期开始。
菲律宾人最初认为他们与美国的关系是两个国家共同与西班牙战斗。然后之后，美国与菲律宾起义者保持了距离。美国并没有履行支持菲律宾独立，埃米利奥·阿奎纳多很不高兴见到此。 由于非常明显美国人仍然待在岛上，双方关系恶化，紧张局势升级。
在1899年2月4日马尼拉市郊圣胡安，两名美国士兵杀害三名菲律宾士兵之后，双方发生对抗。 这个事件导致了美菲战争爆发，这场战争远比美西战争消耗金钱以及战士生命。
1935年建立菲律宾自治邦。第二次世界大战期间被大日本帝国占领。
1946年4月，菲律宾举行了大选。曼努埃尔·罗哈斯成为第一任菲律宾总统。1946年7月4日，美国将菲律宾主权转交与菲律宾，菲律宾获得完全独立。
1965年以后，斐南迪·马科斯独裁统治。1983年，反对派领导人小贝尼格诺·阿基诺在长时间流亡返回菲律宾之时，于菲律宾国际机场被暗杀。这个让对马科斯不满的势力合流。随后又发生了一系列事件，包括来自美国的压力。最后于1986年2月提前举行总统大选。反对派联合在阿基诺的夫人，柯拉蓉·艾奎诺。柯拉蓉竞选胜利后领导人民力量革命，马科斯流亡美国。
1998年5月，埃斯特拉达当选菲国总统。2001年1月，埃斯特拉达因受贿丑闻被迫下台，副总统阿罗约夫人继任。2010年6月30日，贝尼格诺·阿基诺三世就任菲国总统。