荷属马六甲（1641年－1824年），是马来西亚马六甲州被外国势力控制最长的时期。荷兰人统治前后达183年，包括拿破仑战争（1795年－1818年）期间英国人的占领。这段期间除了发生几次小型的严重冲突外，相对上算是和平。由于荷兰人刻意建设巴达维亚（今雅加达）成为区域性经济与政治中心，使得马六甲的重要性在此阶段逐渐衰退。

马来西亚历史学家陶德甫对于荷兰王国占领马六甲的总结：“马六甲在荷人统治之下，是比以前任何时期都为贫困，但极为太平。以前的主要敌国柔佛苏丹国和亚齐苏丹国式微之后，荷人得以控制海面，防止外来的袭击。荷人时代，偶然有米南加保人的侵扰，但除了1784年武吉斯人的一次城下战役外，没有发生严重的围攻。大体而论，在荷人统治下，马六甲城内是安定的。如果不是荷兰东印度公司破产和欧洲方面情势的变化，荷人是可以继续统治的。”

1580年，西班牙的菲力二世接管葡萄牙王国后，为了全面禁止新教徒国家之间的来住，下令封闭港口的贸易。1581年，原为西班牙属地的荷兰脱离西班牙独立，自葡萄牙里期本港口被封港后，荷兰人被禁止到里期本购买香科，此举迫使荷兰王国另觅出路，加入大航海时代。

自十七世纪初期，荷兰人为了获得香料的进口，依照前往东方冒险家的航海指南和游记，向东南亚开拓新航道，在1595年到达苏门答腊岛上的亚齐、万丹港和爪哇等地。1599年，荷兰人正式占领万丹成为香料贸易根据地。自荷兰人到达爪哇以后，即成为葡萄牙强力的竞争对手，葡属印度总督被严令全力围剿荷兰人，在1601至1602年，葡荷双方为争取香料贸易权，在爪哇和摩鹿加群岛发生两次海战，结果以葡军均战败收场。荷兰在苏门答腊岛的地位稳固后，于1602成立荷兰东印度公司，以国家势力为后盾，处理海外贸易、签订盟约、建立殖民地、决定战争等问题。

为了争夺马六甲海峡的控制权，荷兰人也积极将势力伸入马来亚半岛，与葡萄牙竞逐东南亚的殖民地。1606年，荷兰王国与柔佛苏丹国结成同盟，共同围攻葡属马六甲，但被葡萄牙自果阿的援军赶到而失败。荷兰人改变战略，在海上多次痛击葡萄牙舰队，使葡军逐渐失去在马来半岛上的长期优势。1609年，荷兰东印度公司在安汶设立大本营，统辖在东印度群岛的一切事务。1619年，荷兰人占领爪哇的巴达维亚（今雅加达），在此建立堡垒，取代此前在安汶的大本营，并逐渐控制马六甲海峡，达到封锁马六甲的目的，导致葡属马六甲市场惨淡，粮食短缺。

经长期的准备后，荷兰人于1639年与柔佛苏丹国重修旧好。1640年，荷兰王国得悉葡属印度的葡萄牙舰队无力突破荷兰舰队的围困后，委任安东尼逊（Antonissoon）为征甲司令，以12艘战舰及6艘小船封锁海道，联同柔佛陆军围攻葡属马六甲，葡军在相持百余日的围城战役中伤亡惨重。1641年1月14日，荷军在舰炮掩护下发动总攻势，葡军无力抵抗后，被迫接受荷兰人提出的荣誉投降条件，葡萄牙在隔日正式宣布投降，柔佛因为与荷兰的协约关系，也认同荷兰正式接管马六甲。

荷兰人将马六甲设为巴达维亚（今雅加达）属下的一个郡，马六甲最高首长由巴达维亚统督直辖，下设卫戍司令、商务官、律政司、财务官、工务局长和港务局长等职务，他们组成一个受巴达维亚节制的议会，处理一切军政事物。为了加强各不同种族的管理，荷兰人继续沿用甲必丹制度，专事处理各民族发生的小纠纷和向政府交涉的一切事宜。荷属马六甲时代，著名的华人甲必丹人物是郑芳扬和李为经，两人于1673年共同创立“青云亭”，也是甲必丹的办公处。李为经也购置三宝山作为华人公冢。

在宗教政策方面，荷兰人不似葡萄牙人般具有强烈的传教意识，荷兰人并不太注意传教工作，只是专注于商业利益，对其它宗教则采取宽容政策。荷兰东印度公司初时只有两名牧师专责传教，直到1753年建立基督教堂在政府办公室附近，规定凡是公司人员，必须朝夕祈祷和进行礼拜。基督教堂并不完全是宗教因素，而是庆祝荷兰占领马六甲一百周年而建。而葡萄牙建立的圣保罗教堂则被改作坟场，教堂屋顶改工修筑，以便架设大炮防御。荷兰人曾有一段时间，因为长期在欧洲与旧教国家西班牙的战争，而排斥天主教。故于1646年下令禁止马六甲的天主教徒集中弥撒，并将各教堂拆毁或改为住宅，天主教徒直到1767年才获得公开自由活动及建立教堂的自由。大体而论，荷兰人统治下的马六甲很少有强迫异教徒改教的企图，对东方的宗教也没有仇视的心理。

自马六甲建国以来，粮食问题始终没有一个妥善的解决方法，马六甲无法自给自足，主要依赖爪哇和暹罗的米粮；一旦处于战争围城状态，米粮的来源一定会出现问题。荷兰东印度公司接手马六甲后，对粮食的管理非常严格，除了建立粮仓妥善保存粮食，荷兰人也积极鼓励人民垦荒从事粮食生产，也在马六甲河上游处开辟农场，但该地区常受到米南加保人袭击，所以收成不稳定，效果也不理想。荷兰人改为将粮食囤积在爪哇、暹罗和苏门答腊岛等地，粮食经海运入港后，由政府专员管理和统治，没有当局批准，不许发给任何食物给予个人或船舶，只有政府官员可以按照官阶每月获得配给。

马六甲因为葡萄牙以海盗式的贸易政策，其作为东西交通贸易的港口地位已经一落千丈，荷兰人统治时期，这种地位更加一去不复返。由于荷兰人占领的目的只是利用马六甲垄断马来半岛的锡米贸易，加上荷兰人自1619年占领巴达维亚后，便将其发展为东方的贸易中心，很快就取代马六甲成为重要港口，荷兰人从来没有想过让马六甲和巴达维亚相互争衡之意。

马六甲在荷兰人的统治下，港口地位不曾有所恢复，主要是荷兰人抽取比葡萄牙更为沉重的关税，而且变动不定，甚至所征收的税会因国别而有所不同。同时，荷兰人在马六甲海峡巡逻，实行贸易垄断政策，规定锡米、胡椒和松香等货物不课税，但必须廉价卖给荷兰东印度公司，这些政策都足以令商人却步。因此，进入马六甲的商品极少，主要是荷兰东印度公司需要的货物和粮食，停泊的商船也只为了食水补给，并不在此起卸货物。结果导致马六甲财政经常入不敷出，必须依赖巴达维亚的津贴；荷兰东印度公司也不会为无法获利的地方消耗大量金钱，港口面对泥沙淤积，也没有进行疏浚，导致大船无法驶入，沦为只能停泊小船的小码头。

由于马六甲港口地位没落，直接影响到马六甲海峡的重要性，而荷兰人东来的航线是自好望角横渡印度洋到万丹港口，这比经马六甲海峡需时更短，因此，巽他海峡也慢慢取代马六甲海峡，成为欧亚交通的要道。

荷兰统治马六甲的时间比葡萄牙久，但荷兰人没有在当地积极发展商业和传教等事务，也不鼓励官员士兵与当地民族通婚，因此荷兰对马来半岛的文化没有产生很大的作用。

马六甲是荷兰东印度公司的一​​个殖民地。马六甲的所有主要行政长官都是受荷兰在巴达维亚（今雅加达）管辖，除了在拿破仑战争期间该城市由大英帝国统治的短暂时期。首长名单如下：