周祖荫（1787年－？），字芝舫，河南光州直隶州商城县人，（现属安徽金寨县汤家汇镇）人，祖籍江西婺源，清朝政治人物、进士出身。

嘉庆十四年，登进士，改庶吉士，嘉庆十六年，授户部主事，后升任户部郎中。道光三年，任会试同考官。道光九年，任直隶河间府知府。道光十二年，任直隶保定府知府；次年改直隶清河道、升署直隶清河道。道光十四年，任直隶清河道。道光十六年，署直隶按察使。道光十七年，任直隶布政使。