“大印度尼西亚”或“大马来由”（ or ）是一个由马来左倾人士提倡的政治概念，其构思是把马来半岛、北部婆罗洲和荷属东印度群岛在内的马来民族国家统合成一个独立的政治实体。这个理念在1920年代末期获得苏丹依德利斯师范学院师生与校友的拥护，同时在1950年代在苏门达腊和爪哇得到穆罕默德·伊卜尼·亚敏和苏加诺的响应支持。
当时的时代正值一个反殖民地、反帝国主义以及争取民族自决的历史阶段，也是各种意识形态及价值认同产生权衡与竞争的时期，在马来群岛的各个地方形成了不同的政治主张与文化思潮。
1920年代末期，荷属东印度的独立运动促使“大印度尼西亚”理念的产生，同时候，在马来亚半岛则有左倾人士以“大马来由”理念响应。当时，荷属东印度的民族主义激进青年对“大印度尼西亚”持有强烈的信念，期盼“印度尼西亚”脱离殖民地政府的统治，成为一个主权独立的新兴国家。1928年，来自群岛各地的民族主义激进青年在雅加达宣誓了《青年誓言》，宣布三个理念，即：“视印度尼西亚为唯一的祖国，成为单一的印度尼西亚国族，认同印度尼西亚语是统一的语言。”
“大马来由”的构思是由苏丹依德利斯师范学院的历史系讲师阿卜杜勒哈迪·伊卜尼·哈桑所提出，泛马来主义认为马来群岛是由单一种族构成，族群间拥有相似的语言、宗教和文化思想，援引马来世界或努山达拉的概念指出，被英荷殖民统治的英属马来亚、北婆三邦和荷属东印度，是室利佛逝、满者伯夷、满剌加和柔佛-廖内王朝的固有领土，这些领土后来被英国和荷兰殖民者所分裂。
在当时的马来亚，马来知识分子分为三个派系：一是受阿拉伯教育的回教知识分子，回教知识分子又分为激进的改革派（少壮派）和保守的宗教司派（元老派），在政治立场上偏向于获得马来人在宗教方面的认同；一是受英文教育并忠于英殖民政府的右倾知识分子，主要为公务员、贵族和王室子弟，在政治立场上偏向于获得马来人对本土、土邦与苏丹的认同；一是受马来文教育的左倾知识分子，主要为教师、记者和作家，在政治立场上偏向于获得马来人对语言、民族和文化的认同。而由易卜拉欣·伊卜尼·雅各布（英语：Ibrahim Yaacob）在1938年成立的马来青年团（英语：Kesatuan Melayu Muda）是一个对“大马来由”持有强烈信念的马来民族主义组织，也是其中一个激进的左倾团体。
二战期间，“大印度尼西亚”理念获得日本法西斯的鼓舞和支持，日本承诺将会统合荷属东印度、马来亚和婆罗洲，并给予独立，这表示说，日军将在占领这些地区以后，实现“大印度尼西亚”的理念。在1945年7月，由易卜拉欣·伊卜尼·雅各布和布哈努丁·伊卜尼·希尔米博士领导的半岛印度尼西亚人民协会（即是后来的特别印度尼西亚人民力量）于英属马来亚成立，目的是实现马来半岛脱离英国的统治，并与印度尼西亚共和国结盟，在此之前，该计划已咨询过苏加诺和哈达。
在1945年8月12日，易卜拉欣·伊卜尼·雅各布在霹雳太平与苏加诺、哈达和拉吉曼博士会面，苏加诺此行是从西贡回雅加达的航途中，在太平机场进行转机。此前，苏加诺在越南大叻与日军元帅寺内寿一会晤，商讨有关印度尼西亚的独立，并从寺内的手中接受日本帝国应允印度尼西亚独立的直接声明。雅各布在此期间表示，他打算将马来半岛和印度尼西亚联合独立。通过这次的短暂面谈后，苏加诺、雅各布与哈达三人携手道：“让我们为印度尼西亚的所有子民建立一个共同的祖国。”
苏加诺和穆罕默德·伊卜尼·亚敏是认同大联盟理想的印度尼西亚民族主义者和独立先驱，但是他们不愿意接受“大马来由”的想法，并提出了“大印度尼西亚”的替代方案。基本上，“大马来由”和“大印度尼西亚”的概念是如出一辙的，分歧是在于两方面对“马来”一词的不同理解，在马来群岛的多数地区，“马来”一词常是被理解为是马来族群（ethnic Malay），而不是马来民族（Malay race）。马来族群是众多族群中的其中之一，与米南加保、亚齐、爪哇、巽他、马都拉、巴厘、达雅克、武吉斯、望加锡、安汶等族群地位平等。而被马来亚理解的马来民族是将不同的族群统合在一个共同的族群、宗教、文化和种族之下，马来人民联合阵线-全马人民联合行动委员会在1947年拟定的《人民宪章》草案中就有明言“马来亚的公民称为马来人。” 这和印度尼西亚方面的理想不符，而且被认为是带有风险的，此外也不符合事实，印度尼西亚东部的族群，如巴布亚、安汶和东努沙登加拉（弗洛雷斯和东帝汶）就不属于马来-南岛民族，而是属于美拉尼西亚民族。
然而在1945年8月15日，裕仁天皇通过电台广播宣布日本帝国全面投降，印度尼西亚共和国仓促于8月17日宣布独立；8月19日，在马来半岛失势的雅各布乘搭军机携同妻子玛丽亚-敦·伊卜尼·西拉惹、姻亲奥南·伊卜尼·西拉惹和哈桑·伊卜尼·马南飞抵雅加达避难。此后，雅各布继续在印度尼西亚鼓吹他的政治理念，直到他于1979年在雅加达逝世为止。随着日本军国主义的没落，马来半岛与印度尼西亚联盟的想法开被认为是不合时宜的，从此以后再也没有被提出。 然而有一部分的残留日本兵坚持相信，他们在道德上有义务协助马印脱离殖民地的统治，自愿留下对抗殖民地政府，印尼部分的残留日本兵参加过印尼的独立战争，后来被埋葬在雅加达卡利巴达国家英雄公墓； 马来亚部分的残留日本兵加入马来亚人民抗日军，后来受到莱特的处决，另一部分参加马来亚共产党隐藏在马泰边境，最后也被遣返回日本。
印度尼西亚在宣布印度尼西亚独立宣言后，又经过了1945年至1949年的独立战争，最终于1949年透过圆桌会议的谈判方式获得荷兰承认拥有主权，此时在海峡对岸的马来半岛于战后重归英国的殖民统治。
二战后，“大印度尼西亚”的理念沉寂了一段时期。直到1950年代末期，苏加诺强烈反对英国政府与东古·阿卜杜勒·拉赫曼联合倡议的“马来西亚”计划，“马来西亚”的概念是将马来半岛和北部婆罗洲联盟成一个新兴国家。这种敌对的政治立场，导致1960年代初期的印度尼西亚-马来西亚对抗，并在婆罗洲引起持续不断的小规模跨界战斗和军事渗透。苏加诺认为，这个称为“马来西亚”的国家是被英国控制的傀儡国家，目的是通过“马来西亚”间接统治东南亚，称之为是东南亚的新帝国主义和新殖民主义。然而，有其它的分析指出，苏加诺对抗“马来西亚”的真正目的，是为了吞并马来半岛和婆罗洲，完成先前提出的“大印度尼西亚”理念。而另一方面，“马来西亚”也遏制印度尼西亚成为区域霸主的野心。
在1965年，九·伊卜尼·三〇运动政变未遂，苏哈托乘机架空苏加诺的权力，顺势推翻亲苏共的苏加诺政权。经过这次的内部冲突后，印度尼西亚改变以往的政治立场，寓意马印之间的争执也将告一段落。1966年5月28日，马印双方在曼谷达成了一项安全协议，同意以和平方式解决这场纠纷。马印冲突在6月结束后，马印双方在8月11日签属了一份和平协议，并在两天以后正式建交。在这份协议中，双方认同彼此是独立的个别政体，同时承认对方拥有行使主权的权力。
协议达成后，印度尼西亚开始面对本国内的经济和团结问题，最终，苏哈托以铁腕政策解决多元文化引起的矛盾和冲突，以维护政权的稳定。1975年，印度尼西亚吞并前葡萄牙殖民地东帝汶，东帝汶后来于2002年独立。印度尼西亚也遭遇其它的各种问题，如经济危机、亚齐与巴布亚的分离主义运动，同时也面对区域范围的恐怖主义威胁。印度尼西亚试图营造一个民族多样性的多元社会，以“存异求同”及“建国五项原则”的跨疆界意识型态将不同族群团结统一。作为东南亚的第一大国，印度尼西亚似乎将自己假设为东盟各国的领导，以满足它的区域野心。
在另一方面，马来西亚正在努力解决国家建设和跨种族关系问题，特别是占人口多数的马来人和占人口少数的华人及印度人之间的紧张关系，这个问题至今依然困扰马来西亚政坛。种族关系、国民团结和公民权利是土著与马来西亚华人及印度人之间面对的重大议题，非土著依然被马来主权拥戴者认为是外来者或寄居者，这些议题也导致新加坡后来脱离马来西亚。
在婆罗洲，文莱苏丹选择不参与“马来西亚”，一直接受英国的保护，直到1984年为止。因为半岛和婆罗洲之间持有不同的观点和诠释，“马来西亚”也为沙巴和砂拉越人民带来了新的政治议题，联邦政府认为沙巴和砂拉越是“加入”马来西亚，“联邦”是在1957年8月31日“独立”的；沙巴和砂拉越党政团体则认为马来亚联合邦、新加坡、北婆罗洲和砂拉越是“共建”马来西亚，“联邦”是在1963年9月16日“成立”的。
当参与“大马来由”或“大印度尼西亚”建国概念的政治人物和组织都已经淡出政治舞台的时候，“大联盟”的民族统一理想也从政坛上消失，至今已没有任何政治人物或政党派系提出“大马来由”或“大印度尼西亚”的参政理念。