1999年规定：印章直径5厘米，中央刊五角星，由国务院制发。

国务院南水北调工程建设委员会，是已撤销的国务院议事协调机构，承担南水北调工程建设期工程建设行政管理职能。

2003年7月31日，《国务院关于成立国务院南水北调工程建设委员会的通知》（国发〔2003〕17号）称，“为确保南水北调工程的顺利实施，解决我国北方地区水资源严重短缺问题，实现黄淮海流域经济社会可持续发展，国务院决定成立国务院南水北调工程建设委员会。”

2018年3月17日第十三届全国人民代表大会第一次会议通过《第十三届全国人民代表大会第一次会议关于国务院机构改革方案的决定》，批准《国务院机构改革方案》。方案规定：“优化水利部职责。将国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室并入水利部。不再保留国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室。”

2003年《国务院关于成立国务院南水北调工程建设委员会的通知》规定，“委员会是高层次的决策机构，其任务是决定南水北调工程建设的重大方针、政策、措施和其他重大问题。”

2003年《国务院关于成立国务院南水北调工程建设委员会的通知》确定的组成人员是：

2004年9月10日《国务院办公厅关于调整国务院南水北调工程建设委员会组成人员的通知》（国办发〔2004〕69号）增补：

调整任：

免去：

2008年6月5日《国务院办公厅关于调整国务院南水北调工程建设委员会组成人员的通知》（国办发〔2008〕44号）调整后的组成人员是：

2012年2月6日《国务院办公厅关于调整国务院南水北调工程建设委员会组成人员的通知》（国办发〔2012〕11号）调整后的组成人员是：

2013年6月30日《国务院办公厅关于调整国务院南水北调工程建设委员会组成人员的通知》（国办发〔2013〕65号）调整后的组成人员是：

1999年规定：正部级国务院办事机构的印章，直径5厘米，中央刊国徽，由国务院制发。

国务院南水北调工程建设委员会办公室（简称国务院南水北调办），是国务院南水北调工程建设委员会的单设正部级办事机构，承担南水北调工程建设期的工程建设行政管理职能。主要职责是：

根据国务院批准的《国务院南水北调工程建设委员会办公室主要职责内设机构和人员编制规定》（国办发〔2003〕71号）和中央机构编制委员会办公室《关于调整国务院南水北调工程建设委员会办公室有关职责和内设机构的批复》（中央编办复字〔2009〕69号），国务院南水北调工程建设委员会办公室设置综合司、投资计划司、经济与财务司、建设管理司、环境保护司、征地移民司、监督司7个内设机构，直属机关党委办事机构设在综合司。

……

1999年规定：印章直径4.2厘米，中央刊五角星，由水利部制发。

水利部南水北调工程管理司，是中华人民共和国水利部内设机构。

根据有关规定，水利部南水北调工程管理司承担下列职能：

根据有关规定，水利部南水北调工程管理司设置下列机构：