侯自新（1941年8月－），出生于上海市，曾任南开大学校长、数学系教授。

1967年于南开大学数学系研究所毕业，1995年起任南开大学校长。并任中国数学学会副理事长，他在数学研究上，集中于李群、李代数及齐性空间微分几何等方面。曾担任第九届、十届全国人民代表大会代表。

2006年，侯自新卸任南开大学校长一职，官方给出的卸任原因为年龄过大，不再适任。据传言，侯自新离任南开大学校长与南开大学允公集团经济案件有关。当时兼任允公集团董事长的侯自新，在对于允公集团化工厂拆迁并建设学生公寓一事上给予集团总裁杨育麟7500万经费，杨对此笔款项的处置最终导致整个经济案件爆发。