云南湖泊列表列出了中国云南省境内所有面积超过1平方公里的天然湖泊（包括后来被改造成为水库的湖泊）以及部分比较知名的湖泊。根据1998年出版的《中国湖泊志》和同年中华人民共和国水利部发布的《中国湖泊名称代码》（SL261-98）中的数据，云南省面积超过1平方公里的湖泊共有29个：属于长江流域和珠江流域的各有7个，属于澜沧江流域和红河流域的有11个，封闭湖泊有4个；面积超过100平方公里的有3个，面积超过10平方公里小于100平方公里的湖泊有8个，面积低于10平方千米大于1平方千米的有18个。其中面积在30平方公里以上的滇池、洱海、抚仙湖、泸沽湖、星云湖、杞麓湖、程海、异龙湖和阳宗海等9个湖泊，被称为云南九大高原湖泊。

云南省的湖泊多为断陷湖泊，形成时代较早，大多在上新世末到第四纪初期。在距今4万到2万年前，云南地区曾经历大湖时代，滇池水面至少是现在的3倍，抚仙湖、星云湖连成一片，玉溪盆地也被古湖泊淹没。后随着气候变干，水位逐渐下降。

云南省较大的湖泊大多分布在断裂带或各大水系的分水岭地带，湖泊水深岸陡，中国第二深水湖抚仙湖即位于云南。湖泊入湖支流水系一般较多，而湖泊的出流水系普遍较少，有的湖泊仅有一条出流河道，湖泊尾闾落差大，水利资源丰富。中国第一座水电站石龙坝水电站即建在滇池唯一的出水口螳螂川上。云南境内的湖泊大多换水周期长，生态系统较脆弱。滇池和阳宗海是全国知名的污染严重的湖泊。

在腾冲地区还分布有不少规模较小的火山湖，其中的青海是中国唯一的酸性湖。

本表中“湖泊名称代码”和地理坐标信息引用《中国湖泊名称代码》中的数据，其中原书中的部分讹误已更正，其他湖泊特征数据除泸沽湖是引用《中华人民共和国地方志丛书·云南省志·卷一 地理志》（ISBN 7-222-02247-3）第313页中的数据，其他均引自《中国湖泊志》一书。