日本脑炎疫苗（Japanese encephalitis vaccine）是一种预防日本脑炎的疫苗。疫苗的预防功效达90%，效果持续时间目前仍不清楚，但效力似乎会随时间逐渐减弱。接种方式包含肌肉注射及皮下注射（英语：Subcutaneous_injection）

世界卫生组织建议疫区将日本脑炎疫苗列入常规接种疫苗（英语：Routine immunization），视疫苗种类进行一到二次的接种。疫区通常不需追加施打，艾滋病患者及孕妇则建议使用安全性较高的灭活疫苗（英语：Inactivated vaccine）。一般建议前往疫区从事长期户外活动者须进行施打。

疫苗相对来说较为安全，但注射之后仍可能会有疼痛感及红肿的现象。截至2015年，该疫苗就有15种不同的产品可供选择，有些使用重组ＤNA技术，有些是使用减毒后的病毒，有些则使用失活病毒制成。

日本脑炎疫苗于1930年代发明，本品列名世界卫生组织基本药物标准清单之中，为基础公卫体系必备药物之一。在美国，一次接种疗程约会花费100至200美金。

JE-VAX疫苗的随机对照试验结果显示一次两剂的接种可在一年内提供显著的保护。

日本脑炎疫苗在1930年代发明，其中一种从鼠脑提取的灭活疫苗(中山株及/或北京-1株)，由BIKEN药厂制造，上市名称为Sanofi Pasteur，于2005年停产，JE-VAX则是使用仓鼠肾细胞培养的灭活疫苗(北京-3株)，北京-3株是中华人民共和国从1968年至2005年使用疫苗中的主要变种。

三种第二代疫苗之后陆续上市：SA14-14-2、IC51 及ChimeriVax-JE， 减毒活病毒SA14-14-2株于1988年出现在中华人民共和国， 比其他同类疫苗便宜许多，每年用于两千万孩童。

IC51是一种纯化，福尔马林灭活病毒疫苗(在澳洲及新西兰称为JESPECT，其他地区则是IXIARO)，于2009年春获得美国、澳洲及欧洲上市许可，基于由非洲绿恒河猴肾脏细胞培养的SA14-14-2株。 另一种活性减毒黄热病-日本脑炎镶嵌疫苗称为ChimeriVax-JE (上市名称为 IMOJEV)，于2010年在澳洲取得上市许可，2012年12月在泰国上市。

2013年，一家印度企业Bharat Biotech International，由国家病毒学机构 (NIV)从卡纳塔克邦的果拉尔县取得印度株研发出一种疫苗，完成3阶段临床试验，获得印度药品管理当局上市许可，NIV表示该疫苗预防成功率超过90%，可用于1-50岁的接种者，包含儿童。