公平贸易认证组织（FLO-CERT），是全世界最大的公平贸易稽查与认证单位。FLO-CERT是2004年1月从Fairtrade Labelling Organizations International分出来的两个组织之一（另一为国际公平贸易标签组织）。

FLO-CERT目前接受稽核与认证的生产者组织大约有600个，分布于亚、拉、非等50多个国家，总计约有一百万名劳动者在这个体系，农民与工人各半。其根据国际标准化组织（ISO）的规范（ISO 65）来进行产品认证，并且非营利的独立运作。

FLO-CERT确保生产者符合FLO International的所制定的公平贸易标准，而且生产者从公平贸易认证所得到的利益要确实投资在发展上。

FLO-CERT是由54个独立的稽核人员所组成网络来运作，他们例行性的拜访所有的生产组织，并回报给FLO-CERT。授证的权力归于认证委员会，该委员会由多方的关系人所组成，包含：生产者、贸易商、各国的标签倡议者，以及专家学者。另有一个申诉委员会，负责处理所有的申诉案件。

FLO-CERT同时发展一个贸易的稽核系统，用以确保贸易商与零售商符合公平贸易的标准。这个措施是为了确保每个贴有公平贸易标章的商品在售给消费者时，其内容物的确来自于公平贸易组织认证的生产者，并且是在公平贸易规范下的价格交易。在FLO-CERT位于波昂总部的协助下，目前有18位稽查员在各地处理贸易认证。与生产者认证相似，贸易认证的决定权在独立运作的认证委员会，此外还有一个申诉委员会，负责处理所有的申诉案件。

公平贸易的特许商（Fairtrade licensees，与国际公平贸易标签组织签有标章授权合约的公司）也必须接受FLO-CERT的稽查，虽然这通常是由地区的标签倡议者来负责；此外，法国、西班牙与德国是由FLO-CERT直接稽查。

FLO-CERT的认证机制是依据国际标准化组织的规范（ISO 65），但尚未完全认证。该项认证所要求的项目如下：