1999年规定：印章直径5厘米，中央刊五角星，由国务院制发。

国务院深化医药卫生体制改革领导小组，是已撤销的国务院阶段性工作机制，负责领导深化医药卫生体制改革工作。

2008年12月20日，《国务院办公厅关于成立国务院深化医药卫生体制改革领导小组的通知》（国办发〔2008〕132号）称，“为切实加强对深化医药卫生体制改革工作的领导，国务院决定成立国务院深化医药卫生体制改革领导小组。”“领导小组属于阶段性工作机制，不属于新设立议事协调机构，任务完成后即撤销。”

2018年3月17日第十三届全国人民代表大会第一次会议通过《第十三届全国人民代表大会第一次会议 关于国务院机构改革方案的决定》，批准《国务院机构改革方案》。方案规定：“组建国家卫生健康委员会。将国家卫生和计划生育委员会、国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室、全国老龄工作委员会办公室的职责，工业和信息化部的牵头《烟草控制框架公约》履约工作职责，国家安全生产监督管理总局的职业安全健康监督管理职责整合，组建国家卫生健康委员会，作为国务院组成部门。保留全国老龄工作委员会，日常工作由国家卫生健康委员会承担。民政部代管的中国老龄协会改由国家卫生健康委员会代管。国家中医药管理局由国家卫生健康委员会管理。不再保留国家卫生和计划生育委员会。不再设立国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室。”

2008年《国务院办公厅关于成立国务院深化医药卫生体制改革领导小组的通知》规定，国务院深化医药卫生体制改革领导小组的主要职责是，“审议深化医药卫生体制改革的重大方针、政策、措施，组织推动深化医药卫生体制改革工作，统筹协调深化医药卫生体制改革工作中的重大问题。”

2008年《国务院办公厅关于成立国务院深化医药卫生体制改革领导小组的通知》确定的组成人员是：

2011年调整后的组成人员是：

2013年《国务院办公厅关于调整国务院深化医药卫生体制改革领导小组组成人员的通知》（国办发〔2013〕46号）调整后的组成人员是：

（不详）

2015年任命：

2016年10月21日《国务院办公厅关于调整国务院深化医药卫生体制改革领导小组组成人员的通知》（国办发〔2016〕75号）调整后的组成人员是：

2008年《国务院办公厅关于成立国务院深化医药卫生体制改革领导小组的通知》规定，国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室工作由发展改革委承担。办公室的主要职责是：

2013年3月，该办公室工作改由新成立的国家人口和计划生育委员会承担，办公室设在国家人口和计划生育委员会体制改革司。

国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室历任主任、副主任是：

1. 外交部　　部长：杨洁篪  2. 国防部　　部长：梁光烈（兼）  3. 国家发展和改革委员会　　主任：张平  4. 教育部　　部长： 周济 → 袁贵仁  5. 科学技术部　　部长：万钢（致公党）  6. 工业和信息化部　　部长：李毅中 → 苗圩  7. 国家民族事务委员会　　主任：杨晶（蒙古族）  8. 公安部　　部长：孟建柱（兼） → 郭声琨  9. 国家安全部　　部长：耿惠昌 → 陈文清 10. 监察部　　部长：马