形态分类（英语：Form classification），亦作形式分类，是一个生物学的名词，指一种基于生物体形态的分类，不一定反映其生物学关系，与系统分类相对。形态分类一般只限于古生物学，以反映其不确定性；相反地现存物种可以透过分子生物学之类的手段去确认其物种亲缘关系。而为古生物作形态分类的取终目的，是要让我们从其形态而推断最可能的生物分类。

由于化石无法把生物的特征保留至可确定其系统分类，为这些生物制订形态分类，使之可按其形态而归类，有助生物学家分辨各个物种。