2018年国际足联世界杯预选赛 – 亚洲区第三轮的参赛球队由八支上一圈比赛各组的首名，及四支成绩最佳的次名球队，共十二队参赛，因此也被称为2018年国际足联世界杯预选赛亚洲区12 强赛。比赛日期目前定于2016年9月1日至2017年9月5日。比赛分为两大组，每组各6支球队，采用主客场双循环制。每组的前两名球队将直接获得2018年国际足联世界杯的参赛资格，而两个排名小组第三的球队将进行第四轮角逐第五名，这些队伍同时具有2019年亚洲杯足球赛的资格。

2016年4月12日16：30（UTC+8），第三轮抽签仪式于马来西亚吉隆坡的亚足联总部举行。

种子排序依以2016年4月的国际足联世界排名作为依据。以下的排序按照2016年4月的世界排名，而抽签结果刚好省掉因为沙特阿拉伯及伊朗关系恶化所带来的问题。（同一年的亚冠联赛，沙特阿拉伯及伊朗俱乐部之间的赛事于中立场地举行。）

韩国 v 中国

乌兹别克斯坦 v 叙利亚

伊朗 v 卡塔尔

中国 v 伊朗

叙利亚 v 韩国

卡塔尔 v 乌兹别克斯坦

韩国 v 卡塔尔

中国 v 叙利亚

乌兹别克斯坦 v 伊朗

乌兹别克斯坦 v 中国

伊朗 v 韩国

卡塔尔 v 叙利亚

韩国 v 乌兹别克斯坦

中国 v 卡塔尔

叙利亚 v 伊朗

中国 v 韩国

叙利亚 v 乌兹别克斯坦

卡塔尔 v 伊朗

韩国 v 叙利亚

伊朗 v 中国

乌兹别克斯坦 v 卡塔尔

伊朗 v 乌兹别克斯坦

叙利亚 v 中国

卡塔尔 v 韩国

中国 v 乌兹别克斯坦

韩国 v 伊朗

叙利亚 v 卡塔尔

卡塔尔 v 中国

伊朗 v 叙利亚

乌兹别克斯坦 v 韩国

澳大利亚 v 伊拉克

日本 v 阿联酋

沙特阿拉伯 v 泰国

伊拉克 v 沙特阿拉伯

泰国 v 日本

阿联酋 v 澳大利亚

日本 v 伊拉克

阿联酋 v 泰国

沙特阿拉伯 v 澳大利亚

澳大利亚 v 日本

伊拉克 v 泰国

沙特阿拉伯 v 阿联酋

日本 v 沙特阿拉伯

泰国 v 澳大利亚

阿联酋 v 伊拉克

伊拉克 v 澳大利亚

泰国 v 沙特阿拉伯

阿联酋 v 日本

澳大利亚 v 阿联酋

日本 v 泰国

沙特阿拉伯 v 伊拉克

澳大利亚 v 沙特阿拉伯

泰国 v 阿联酋

伊拉克 v 日本

阿联酋 v 沙特阿拉伯

泰国 v 伊拉克

日本 v 澳大利亚

伊拉克 v 阿联酋

澳大利亚 v 泰国

沙特阿拉伯 v 日本

以粗体显示者为余下比赛入选的球员。