基因剔除小鼠是一种遗传工程技术下利用基因剔除技术所做出的一或多个基因变异的小鼠。广义来说，当小鼠体内的特定基因被剔除称之。此技术为用来观察并研究活体内基因表现的工具之一。此外，更可借由基因剔除后对小鼠所产生的变化，精确地了解人类先天基因缺损所造成疾病的致病机转，也是此技术的重大优点之一。

主要用于了解该基因在生物体扮演的角色或功能。另一种方法是gene enhance，可加强该基因的表现量。两者互相比较与对照。可以更加清楚的知道该基因的功能。

制造基因剔除小鼠有着许多不同的步骤;以下仅列出有代表性的例子。