古虫界（学名：Excavata）是单细胞生物的一个主要超级群组，属于真核生物域，由汤玛斯·卡弗利尔-史密斯于2002年引入的一个新的支序亲缘学分类。古虫界包含了许多自由生存或共生的原生生物，以及一些重要的人体寄生虫。古虫界过往被包括进现时被视为已弃用的生物分类原生生物界（Protista），一种基于鞭毛构造的分类，被认为是 Flagellate（英语：Flagellate）的最 lineage。 命名为“古虫”，是因为在真核生物的系统发生树处于底部位置，与古菌等外群关系较近，线粒体可能缺失或功能原始。许多古虫界的物种缺乏典型的线粒体，被称作“无线粒体原生生物”（amitochondriate），虽然大多数可能包含了功能上类似于线粒体、形态有很大变化的细胞器。其它的古虫界的生物有线粒体，线粒体嵴呈管状、盘状、薄片状。大多数古虫界物种有两个、四个甚至更多的鞭毛，很多物种有显著的腹部摄食沟（feeding groove）超微结构，内部由微管支撑。如果有系统发生的基因证据，其它缺乏这一特征的物种也可以归属于古虫界。古虫界在门/纲的级别上分为六类。眼虫门（Euglenozoa）与透色门（Percolozoa, Heterolobosea）是特别接近的亲缘关系，都具有盘状的线粒体嵴，因此被归纳为盘嵴总门（Discicristata）。2007年，一项研究表明盘嵴总门与Jakobida目具有基因亲缘关系 Jakobida目具有类似于其它原生生物的管状线粒体嵴，因此与盘嵴总门合称为Discoba亚界或三者首字母缩写——JEH总界。后滴门（Metamonad）不寻常地缺少了典型的线粒体——代替线粒体，这些生物具有氢化酶体（hydrogenosome），纺锤剩体（mitosome）或其它未识别的细胞器。共同特点是都没有线粒体。基因分析表明，这些生物的细胞核中有线粒体的基因标志。这些生物都是寄生生活的，能够从其它来源获得ATP。源真核生物的一个例子是毛滴虫（Trichomonas Vaginalis），是常见的尿路感染，通过性接触传播。古虫界是否为单系群（monophyletic group），仍然缺乏基因证据。可能是几个并行的进化分支。某些古虫界的物种被认为是非常原始的真核生物，位于进化树的底部。这示意古虫界可能是多系群，包含着其它原生生物的祖先。但这也可能是由于长枝吸引（long branch attraction），这已经在微孢子虫（microsporidia）中有过前例。除上述类群外马拉维单胞虫纲（Malawimonas）由于其分子系统学证据被认为可能是古虫中的一种，但其在其中的系统位置待定。医学导航: 原虫感染变形虫, 古虫, 囊泡虫 (结构)变形虫, 古虫, 囊泡藻变形虫, 古虫, 囊泡藻