南岛民族指大洋洲和东南亚以南岛语系为语言的族群。其中包括东帝汶、印度尼西亚、马来西亚、菲律宾、文莱、马达加斯加、密克罗尼西亚联邦、夏威夷和波利尼西亚以及台湾原住民族、中国回辉人（为占人分支）、新西兰毛利人（为玻利尼西亚人分支）、非巴布亚人的美拉尼西亚人等多个民族。他们还分布于泰国北大年地区、新加坡、越南西原地区和占婆地区（覆盖越南中部和南部的占婆王国）、柬埔寨。这些地区统称为南岛民族地区。南岛语族主要分布范围北到台湾，南至新西兰，东到复活节岛，西至马达加斯加。对于南岛民族的起源与扩散，学界根据语言学与考古资料，建立了几个假说。学界认为，由亚洲大陆移居至台湾的族群，在台湾形成了南岛语系，之后沿着岛屿，逐步扩展到太平洋各地。这个假说，称为出台湾（Out of Taiwan）假说。这个假说最早由语言学学者提出，遗传人类学者以线粒体DNA的研究，对这个假说提供更多证据。这个假说在学界有很多支持者，但尚未得到一致共识。Shutler and Marck于1975年发表论文，认为台湾是南岛语最有可能的发源地以后，国际遗传学界即接受他的研究成果。尤其是在Peter Bellwood于1991年在《科学美国人》（Scientific American）杂志上，关于这个问题的论文发表以后，“南岛语的发源地在台湾”这一个陈述，就几乎已经是多数学者的共识；后来他再提出，南岛民族由亚洲大陆而来，于公元前8000年左右到达台湾，此后发展出卓越的航海能力，不断分批移民至海外岛屿，另见；在开始很长一段时间后，曾一时暂止，然后又持续移民，而无论是择居于大岛或小岛，多遍布于亚热带和热带地区是一大特点。根据Bellwood的研究，操南岛语的南岛民族是由亚洲大陆而来，可能与侗傣（Kam-Tai）民族或南亚（Austroasiatic）民族原是一家，分家后抵达台湾，年代大约是6000年前。大约5000年前，才开始从台湾南下扩散到菲律宾群岛，主要是北部吕宋一带。然后到婆罗洲、印尼东部，时间大约是在4500年前。然后往东、西两方扩散，东至马里亚那群岛（关岛、塞班岛一带），也到了南太平洋部分地区，往西到马来半岛、苏门答腊等，时间约在3200年前。再下一步才扩散到中太平洋美拉尼西亚区域的加洛林群岛一带。然后往东，约在公元300年到达波利尼西亚。今天在新西兰的毛利族（Maori），是最晚的移民，约在公元800年。这个散布模型，可以用地瓜的传播来证明，随着南岛民族往东迁徙，与南美洲的美洲原住民接触，将地瓜由美洲传播到环太平洋区。另一个证明则是太平洋构树。2015年台湾大学森林环资系与智利共组研究团队，分析西太平洋岛弧上的太平洋构树样本，发现各地构树与南台湾构树皆有相同的叶绿体基因单型（haplotype），西太平洋各地的构树起源于台湾。因为太平洋构树没有雄雌异株，无法自然产出种子，需由人类以其根部进行无性生殖来传播，因此可排除是由动物传播的可能。太平洋构树的树皮是南岛民族重要的资源，在祭典上会使用树皮布。因为太平洋构树与南岛民族间的紧密关系，应是随着南岛民族迁徙而传播。这个共生关系间接证实了出台湾假说。由史蒂芬·欧本海默提出。巽他大陆起源说认为，冰河期的东南亚由于海平面比现在低，爪哇岛、苏门答腊岛与马来半岛连在一起，形成巽他大陆，为亚洲的延伸。但在间冰期，海平面上升，淹没这个区域。这个区域的居民被迫离开，形成南岛语族。福建发掘的昙石山遗址，漳州东山大帽山遗址，宁德霞浦县黄瓜山贝丘遗址，泉州晋江庵山沙丘遗址，福州平潭壳丘头遗址，据考证都跟南岛语族文化有渊源。在福建出土石锛、石戈以及石叉等物品，在波利尼西亚仍常见。福建的几大遗址中出土的石器、陶制品等文物制作的方法、生产工艺、母语语系等推测，南太平洋、印度洋的南岛语族众多岛国居民的祖先，与中国东南沿海文化有交流。中国医药大学讲座教授葛应钦，利用演化基因学改进方法及技术，分析在马祖亮岛出土的亮岛人遗骸，重建遗传系谱，认为早期南岛民族约8000年前起源于福建沿海地区，反对台湾或东南亚岛屿是早期南岛民族发源地的说法，但不以文化为据和其无法证明亮岛人有后代等令此说法至今尚未得到国际上的普遍认可。中国考古学家张光直根据福州平潭壳丘头遗址的出土文物，认为稍晚的台湾西海岸的大坌坑文化的与此文化有关联，两者部分的文化面貌说明福建与南岛语族最早的渊源。