1996年–1999年 科索沃解放军“科索沃战争”或“科索沃冲突”这个名词通常是用来描述两场接续的并且有时相当类似的武装冲突。内战后随即发生了国际冲突，分别为：由于科索沃境内的阿尔巴尼亚族与塞尔维亚族冲突愈演愈烈，1989年，南斯拉夫社会主义联邦共和国撤消了科索沃省的地方自主权，导致1990年科索沃宣布成立独立国家科索沃共和国。恰逢南斯拉夫发生克罗地亚独立战争和历时三年的波黑战争，南斯拉夫联盟政府暂时无暇顾及科索沃。同时一些阿尔巴尼亚民族主义者开始武装自卫，组织了科索沃解放军，以屠杀当地塞族人来抗争南联盟政府的镇压，达到驱赶南联盟政府安全部队，获取科索沃实质独立的目的。由于科索沃解放军向塞尔维亚官员频繁发动攻击，塞尔维亚警察在1998年3月开始大肆搜捕德雷尼察（英语：Drenica）地区的科索沃解放军，加剧紧张局势，安理会开始对南斯拉夫包括科索沃实行武器禁运。1999年1月，发生针对科索沃解放军和科索沃阿尔巴尼亚人（英语：Kosovo Albanians）的拉查克屠杀（英语：Račak massacre）。西方国家谴责南斯拉夫联盟共和国政府发动大屠杀。随后北约介入，北约草拟朗布依莱协议（英语：Rambouillet Agreement），希望能通过和平谈判决绝争端，但是由于南斯拉夫联盟共和国拒绝在协议上签字，协议最终没有达成。在1999年3月23日，美国巴尔干特使理查德·霍布鲁克宣布和平谈判失败。比尔·克林顿政府宣告终止外交努力，开始对南联实施空中攻击，南联的回应则是大举进军科索沃，以更残酷的种族净化政策，驱逐阿裔人民离境，造成欧洲二次大战以来最大的难民潮。经78天轰炸，南联遭受相当大的损失。战争从3月24日至6月10日，当北约攻击塞黑目标时，阿尔巴尼亚人游击队持续与塞尔维亚政府武力战斗，在这段期间，战乱造成了科索沃的人口大幅减少。1999年3月23日，北约秘书长索拉纳在布鲁塞宣布，由于“最后外交努力”失败，北约决定对南联盟进行大规模空袭。代号为“盟军行动”的空袭正式拉开帷幕。1999年3月28日，北约开始了第二阶段空袭，目标转为对北纬44度以南的南人民军地面部队和军用物资进行攻击，企图破坏南的战争机器，迫使南联盟屈服。1999年4月13日，美国总统克林顿宣布对南联盟的空袭进入第三阶段，扩大空袭范围，增加空袭强度。北约对南联盟境内的所有军事目标进行24小时不间断轰炸；另一方面，为了削弱南联盟人民的抵抗意志，北约还对南联盟的民用设施，如桥梁、铁路、公路、工厂、电视台、通讯系统和电力系统等进行轰炸。此外，美国还向巴尔干派遣地面部队和“阿帕奇”攻击直升机，为地面进攻作准备。1999年5月7日，5枚联合直接攻击制导炸弹击中中国驻南斯拉夫大使馆，导致3名中国记者被炸死，个别外交人员受伤，馆舍被毁，此事件中国称为五八事件，随着中国大陆爆发1999年中国反美示威活动。1999年6月2日，南联盟总统米洛舍维奇接受了由俄罗斯特使切尔诺梅尔金、芬兰总统阿赫蒂萨里、美国副国务卿塔尔博特共同制定的和平协议，该协议在坚持原朗布依埃方案基本内容的同时，强调了通过联合国机制解决问题的必要性，并对此作了具体规定。根据这个协议，进驻科索沃的多国部队将按照联合国宪章精神建立，科索沃未来自治地位的确切性质将由联合国安理会决定，难民返回家园的安排也将在联合国难民事务高级专员的监督下实施。1999年1月15日，拉查克屠杀事件曝光并被认定为米洛舍维奇及塞军的战争罪行，引发世界各国及安理会的谴责。并于1999年3月15日，在法国巴黎西南郊的朗布依埃古堡举行一场事关巴尔干半岛未来局势的会议，美国、北约与南联就“科索沃问题”开展了第二轮谈判。北约、美国与西方部分国家认为塞尔维亚不仅对科索沃境内的阿族穆民实行种族歧视政策，其政府军警、民警还对阿族反抗分子与科索沃解放军施行不合法的武力镇压和种族屠杀。北约的议案核心内容有：同意科索沃继续自治三年，以公投的方式决定未来政治走向（即迈向独立或回归南联盟）；要求在科索沃实现实质性的高度自治；要求塞军与武警全部撤离科索沃自治省，让北约的维和部队进驻以确保境内阿族的安全与阿族、塞族间的和平。在第二轮谈判中，塞尔维亚代表始终未接受北约驻军这个条件，他们认为让北约军队进驻自治省境内就相当于北约在科索沃自治省实行军事占领，如此就侵犯了塞尔维亚在科索沃的主权而予以拒绝，双方始终没有达成协议。3月18日，阿尔巴尼亚、英国和美国代表在朗布依埃协议上签约。迫于以美国为首的北约强大的武力介入与威胁，最终米洛舍维奇接受了北约开出的条件，科索沃解放军必须解除武装，停止军事行动。南联盟则从科索沃撤军，允许阿尔巴尼亚人回乡重建家园，并接受联合国维和部队的监督，于是科索沃战争宣告终止。塞尔维亚自此失去对科索沃的控制权，但至今坚持拥有主权。人权观察估计至少有488名平民因为北约空袭而死亡。2000年8月前南战犯法庭（ICTY）2000年8月报告说发掘出了2,788具遗体，其中会有不少是战争犯罪受害者。而KFOR的消息说到1999年7月发现2150具，其中850具被认为是战争犯罪受害者。2001年7月、塞尔维亚当局报告发现了一千人的乱葬坑，最大的位于Batajnica。人权团体认为死于塞黑军的战争犯罪的人数是4400人。而ICTY推测最终死于塞黑军罪行的死亡人数为一万人。2008年2月17日，科索沃议会通过独立宣言，宣布脱离塞尔维亚独立，至今已经获得111个联合国会员国，以及马耳他骑士团、纽埃、库克群岛的外交承认。但在联合国安理会两个常任理事国的俄罗斯和中华人民共和国以及印度等国反对下，科索沃至今没有正式加入联合国。不过塞尔维亚人主导的南联政府（即现在的塞尔维亚共和国政府）则强烈反对分离，并认为科索沃的历史和文化与塞尔维亚有密切关系。塞尔维亚政府至今坚持对科索沃拥有主权。这是一则典型的冷战后巴尔干半岛的民族国家问题。塞尔维亚和黑山（贝尔格莱德）  克罗地亚（萨格勒布）  波黑（萨拉热窝）  斯洛文尼亚（卢布亚纳）  塞尔维亚（贝尔格莱德）  黑山 （波德戈里察）