已测序真核生物基因组列表包括所有已知的，可以公开获取已组装、注释和发表的细胞核和细胞器基因组序列的真核生物；基因组草图不包括在内，只有细胞器序列的物种也不包括。1977年，第一次出现DNA测序。1995年，细菌流感嗜血杆菌第一个完成了全基因组序列。1996年，酿酒酵母是第一个发布的真核生物基因组序列。1998年，发布了第一个多细胞真核生物基因组序列，秀丽隐杆线虫。以下是最早的5个完成基因组测序的原生生物。更完整的列表，请参阅已测序原生生物基因组列表（英语：List of sequenced protist genomes）。以下是最早的5个完成基因组测序的植物，更完整的列表，请参阅已测序植物基因组列表以下是最早的5个完成基因组测序的真菌，更完整的列表，请参阅已测序真菌基因组列表（英语：List of sequenced fungi genomes）。以下是最早的5个完成基因组测序的动物，更完整的列表，请参阅已测序动物基因组列表（英语：List of sequenced animal genomes）。