蛋白氨基酸（proteinogenic amino acids）是指在翻译期间被生物合成并入蛋白质的α-氨基酸。 “蛋白”一词是指“蛋白质形成”。在已知的生命中，有22种遗传编码（蛋白质）氨基酸，20种在标准遗传密码中，另外2种可以通过特殊的翻译机制来引入。相反的，非蛋白氨基酸则是指在蛋白质内找不到（如carnitine、GABA和L-DOPA），或没有被标准遗传密码编码（如羟脯胺酸和硒甲硫氨酸）的其他氨基酸。后者通常源自于蛋白质的转译后修饰作用。某些非蛋白氨基酸（如鸟氨酸和homoserine（英语：homoserine））对于生物缺少将其组进蛋白质内的功能有着很清楚的根本因素；如前面所举的两个氨基酸就会cyclize against the peptide backbone and fragment the protein with relatively short half-lives.